海军部于1912年5月设立。9月2日、12月11日分别公布了《海军部官制》、《海军部办事规则》。规定其任务是管理海军军政，统辖海军军人、军属，监督所辖官署、各省制造军舰厂坞及沿海各处炮台。

　　海军部设总长1人，综理部务；次长1人，辅助总长。海军部内设1处1厅5司，即：参事处、总务厅、军衡司、军务司、军械司、军学司、军需司。其职掌与编制如下：

　　参事处：设参事4人，承长官之命，掌拟订、审议法律命令立案事务。处内不分科。

　　总务厅设秘书副官、视察若干人，厅内置机要、编纂、统计、庶务4科。分别掌理机密及海军文库；典守印信；征发物件表、报告及统计；各项公文函件的纂辑、保存及收发；部内文官任用；部内风纪及其他不属于各司的事务。

　　军衡司：下设任官、赏赉、考核、执法4科。分别掌理海军军官、军佐及军用文官的进退、任免、转补；调查海军各项人员；办理考绩表、兵籍、战时名簿及军用文官名簿；保管军官、军佐、军用文官及战时职员表；编纂年格名簿；恩赉、叙勋、记章、褒章及赏给；休假；废兵处置，海军军人结婚，海军军法，海军司法官及海军监狱职员之考绩；战时捕获审检所；海军监狱；赦免及在监人之处置事项。

　　军务司：下置典制、军事、测绘、医务4科。分别掌理海军建制及编制；戒严；舰队配置；战时各项规则；各舰队军纪、风纪；海军礼节、服制、徽章；海军军旗；海军航路及属于海军之运船、义勇舰等航路；测绘江海各路线、军港、要港；调制、颁布航路图志及航路通则；领航界线，万国航行通语，调查沿江、沿海灯塔、灯杆、浮桩；航海之保安及颁布航路警告；航行应用时表测器图籍之置备、分配；航路人员之考绩；海军医院及海军红十字会；身体检查；诊断病之免除兵役；防疫及卫生；卫生人员之考绩；卫生报告统计及卫生船员学术研究等事项。

　　军械司：下设兵器、舰政、机器、设备4科。分别掌理沿江、沿海水雷、鱼雷、要塞炮及各舰队枪炮配置；海军台垒、厂坞、营库、桥梁、码头、灯塔、灯杆、浮桩等建筑修理及管理；海军之枪炮、水雷、鱼雷、火药、子弹及其他一切军械之制式、支给、交换、检查；海军所需机器用具材料之制式、支给、交换；海军通信用气球、用之器具材料及支给、交换；各项器具材料之经理及检查；造船坞之设配及管理；舰艇之制造、修理；舰艇之购置、监察；海军各军械之制造、修理、购买；海军各项器具材料之制造、修理、购买；军械人员之考绩等事项。

　　军需司：下设司计、经理、储备、稽核4科。分别掌理军服之经理及检查；军服、粮炭等给与之规定；平时、战时粮炭之给与及战用粮炭之准备；经费出纳并预算、决算；会计稽核；海军官地；军需运用；军需处人员之考绩；规定俸给及旅费；各种给与及军需规定之审查；出纳之官吏；与财政官署联系等事项。

　　军学司：下设航海、轮机、士兵、编译4科。分别掌理所辖各学校一切章程之制定及其筹办；拟定所辖各学校教育纲领及计划并审查各教科书；所辖各学校职员奖罚；所辖各学校学生奖罚及考试；留学生一切事件并选派高等专门学员；练习舰队并规定练习章程；制定海军练营、鱼雷训练、管理等规则；舰队操演；计划、训练、改良、编辑及印刷；军学人员之考绩；其他教育、训练等一切事项。

　　海军部各司设司长1人，承长官之命，总理一司事务；设司副官5人，设技正4人、技士8人 ; 设科长、科员若干人，其中，科员至多不得超过一百人。‘

　　1913年3月21日北京政府又公布了《海军部参谋本部的连带职掌》。依据《连带职掌》的规定：凡有关军机战略、国防用兵须派遣之军舰、军队；设置国防区域及军港、要港与征兵区域；进行大演习；舰船及兵器之制造、废弃等兵力之伸缩，水路测量须派遣军舰，平时舰队之编制及军舰之变更役务，军港及要港之司令部与练营之建设、编制，教育、训练，保护侨民，监视密渔私商等派遣军舰时；教育、训练之学科教程及操法之创设、变更，任免参谋、将校与驻扎外国海军武官等事项，均由参谋本部计划、咨商海军部或由海军部商同，征求参谋本部意见后，呈请大总统核准施行。

　　1914年4月，海军部总务厅原设的秘书、副官（部分）、视察改为部设。

　　1914年7月10日公布了修正海军部官制。规定海军部改隶大总统，管理海军军政，统辖海军军队，官属，监督所辖各官署，对于各省巡按使及地方最高级行政长官之执行本部主管事务有监察指示之责；于主管事务对于巡按使及各地方最高级行政长官之命令或处分认为违背法令或逾越权限者，得呈请大总统核夺。

　　海军部内增设军法司。军法司下设审检、法学、典狱3科。分别掌理海军军法；海军司法官及海军监狱职员之考绩；战时捕获、审查所；海军监狱；赦免及在监人之处置等事项。

　　军法司设司长1人。

　　海军部内军衡司撤销司法科，增设典制科。军务司撤销典制科，增设电政科。

　　1916年6月以后，海军部恢复元年官制。

　　1918年12月7日海军部公布了《修正海军部办事细则》和《海军部各厅司分科职掌》，海军部内设机构及职权有所变化。

　　参事处改为参事厅，参事职掌增加评议海军各种条陈事项。

　　总务厅由次长兼管其事务，总负其责。各科职掌也有所调整。

　　机要科：掌理审订不属各司主管的海军应用图书事项；典守印信；部内任免各职员命令；编制本部官册；承办不属各司及本厅各科主管的文件；收发并分配各项文件；纂辑、保存本厅各项档案。

　　编纂科：掌理编纂海军部年报；编辑海军公报；汇辑政府年鉴的海军资料；编辑海军法规类纂；编制海军职员录。

　　统计科：掌编定海军统计表式；调制海军统计年表、部内统计、征发物件表报告；海军统计的调查、参考。

　　庶务科：掌理保管部内官地；购置收发及保存部内官物；部内修缮建筑；部用杂费的出纳；部内弁役等给与及黜陟、赏罚；部内饮食及卫生。

　　军务司典制科的职掌；裁撤了原有的关于海军建制、编制与拟订奖牌勋章事项。

　　部内增设印刷所，印刷所设所长1人，由军械司机器科科长兼任，所内设办事员2人，录事3人。

　　技正处改为技正室，办理原技正、技士所掌事务，设技正4人，技士4人，办事员1人。

　　此时，海军部内设2厅2处1所6司1室。即：参事厅、总务厅、副官处、视察处、印刷所、军衡司、军务司、军械司、军学司、军需司、军法司及技正室。

　　1920年1月，海军部内的秘书处、副官处、视察处改隶总务厅，职权未变。秘书处改名为秘书厅，厅内不分科，设秘书4人，副官兼办秘书事1人，科员1人，办事员4人，录事2人。副官处内不分科，设副官8人，办事员1人，学习员1人，录事3人。视察处改名为视察室，设视察8人。

　　此时，总务厅内设秘书厅、副官处、视察室、机要科、编纂科、统计科、庶务科。

　　1927年7月北京军政府成立后，将海军部并入军事部，改设海军署。

　　海军部直属机构有：海军总司令公署、陆海军会计审查处、海军陆战队、海军第一舰队司令、海军第二舰队司令处、海军练习舰队司令处、海军吉黑江防司令处公署、海军各舰队、海军军港司令处、闽粤海疆防御使公署、海军保卫沿海渔业监督、军港监狱、海道测量局、全国海岸巡防处、大沽造船所、江南造船所、福州船政局、吴淞海军医院、南京海军养病院、烟台海军养病院、上海高昌庙海军养病所、烟台海军练营、南京海军鱼雷营、南京海军鱼雷枪炮学校、烟台海军学校、福州海军学校、福州海军制造学校、吴淞军学校、天津海军医学校等。

　　（冯  蓉 撰）