1912年4月6日北京政府任命黄钟英为海军总司令，筹组海军总司令机关，同年10月15日公布《海军总司令处条例》，规定海军总司令处直隶海军总长，其任务是管理所属舰队、厂坞、练营、医院。

　　该处设总司令1人，职掌是派遣舰艇巡防江海；每年督率部下操演两次；确定更换部下旗舰；定期呈报预算；任免、赏罚属员；巡阅考查舰艇、厂坞成绩等。但总司令执行职权时，均须呈请海军部。

　　总司令处设置参谋3人（上、中、少校、上尉），副官3人（中、少校、上尉），秘书3人，军衡长（上、中、少校）、军衡员（少校、上尉）、军械长（上、中、少校）、军械员（少校、上尉）、轮机长（上、中、少校）、轮机员（轮机少校、上尉）、军需长（军需大、中、少监）、军医长（军医大、中、少校）、执法官各1人，军需官(军需少监、一等军需官)6人。其职掌如下：

　　参谋：掌港湾防御计划；舰艇军队调遣、服役；江海各处警备；出师准备及作战计划；教育、训练、操演、检阅；交通、运输、谍报。

　　副官：掌仪制、礼式、服制、旗章；接待来宾；传达命令；总司令处雇员佣人、庶务、军风纪；管理秘密图书及贷与展览等。

　　秘书：掌管理文牍；收发公文；保存案卷；典守印信。

　　军衡长、军衡员：军衡长督同军衡员掌总司令所属部下之进退、任免、转补、履历书、考绩、叙勋、褒章、赏罚、休假、恩恤及属员定额之补充。

　　军械长、军械员：军械长督同军械员掌陆上各舰营枪炮、水雷、鱼雷、火药、子弹及其他军械并一切附属物品之供给、修理、保管、整顿、制造、试验、调查、统计等。

　　轮机长、轮机员：轮机长督同轮机员掌轮机官的勤务及应管之船体轮机器械；轮机部的教育训练及出师前之应管事项；各舰艇轮机成绩之统计、报告及制造、修理、检查、试验。

　　军医长：掌军医官及看护长以下的勤务、教育、训练；军人之体格；诊察应得恩恤的病伤；传染病的预防及诊治；各舰艇并陆上各署卫生；海军病院、平时战时治疗物品的预备。

　　军需长、军需员：军需长督同军需员掌所管预决算、收支；各舰艇及所属各处军人军属的俸饷、储金及帐簿的保管检查；各舰艇及所属各处应用物品的购办；雇佣工役及购办物品契约的订定保管；煤粮被服的购办、保管及供给；一切物品及其帐簿的检查。

　　执法官：掌海军刑法、海军治罪法之适用；军事司法警察及捕获审查；军法会议、海军监狱，犯罪的审部、宣告判决、执行判决；军事犯逮捕、赦免及移送军事犯；申报终结一切案件。

　　另外，还设轮机员、军衡员、军需员、军械员若干人。

　　1916年2月23日北京政府裁撤海军总司令处，另设海军总轮机处及转运局，各舰队由海军部直辖。

　　1917年6月再设海军总司令处于南京下关，其职权与编制同前。同年12月改海军总司令处为海军总司令公署，仍设南京。

　　1918年2月，北京政府因参加欧战，将海军总司令公署移驻上海高昌庙。7月23日公布《海军总司令公署编制令》、《海军总司令公署办事细则》，规定海军总司令公署直隶于海军部，设总司令1人，管理所属舰队及练营、鱼水雷营、医院；调遣舰艇；督率舰艇每年会操一次；指定或更换舰队司令旗舰；定期造报舰艇及所属各处预算；属员进退、升降、奖罚；巡阅、考查舰艇及各处成绩。

　　署内设3处7课，即参谋处、副官处、书记官处、军衡课、军械课、轮机课、军需课、军法课、军医课、电务课。其职掌与编制如下：

　　参谋处：掌江海防御计划；舰艇军队调遣、服役；江海各处警备；出师准备及作战计划；舰队操演及检阅；教育及训练；交通及运输；谍报。参谋处设参谋长1人，参谋3-6人。

　　副官处：掌仪制、礼式、服制、旗章；接待来宾；传宣命令；总司令公署雇员、兵役、庶务；军纪风纪；管理秘密图书及贷与展览。副官处设副官长1人，副官3-6人。

　　书记官处：管理机要文件并办理不属各课的文牍；收发公文及保存案卷；典守印信。书记官处设书记官长1人，书记官3人。

　　军衡课：掌进退、任免、转补；履历书、执照；考绩、叙勋、褒彰、赏罚、休假；人员的补充、调换、恩恤等。

　　军械课：掌各舰、营枪炮、水雷、鱼雷、火药、子弹及其他军用器械并一切附属物的供给、修理、调查、统计；陆上修存枪炮、水雷、鱼雷、火药、子弹及其他军用器械并切附属物品的保管与整顿；制造、购买枪炮、水雷、鱼雷、火药、子弹及其他军用器械并一切附属物品的试验、检查；各舰艇舱面杠具的册报、稽核。

　　轮机课：掌轮机官之勤务；应管之船体、轮机、器械；轮机部之教育训练、人员之考绩、考核、升调；各舰艇轮机成绩之统计、报告、制造、修理、检查、试验，各舰艇机舱杠具及年领煤斤并五金料件之册报、稽核。   

　　军需课：掌预决算、收支；军人、军属之俸饷；储金及帐簿之保管、检查；应用物品之购办；雇佣工役及购办物品契约之订定、保管、供应及煤、粮、被服之购办、保管、供给；一切物品及帐簿之检查；各舰艇每年领五金料件之册报、稽核。

　　军法课：掌海军刑事条例、海军审判条例之适用；捕获审检；军法会审；海军监狱；犯罪之审阅、宣告判决、执行判决；军事犯之逮捕、赦免、移送；申报终结一切案件。

　　军医课：掌军医官及看护长以下的勤务、教育训练；军人体格的考验；诊察应得恩恤的病伤；预防及诊治传染病；各舰艇及陆上各机关卫生事项；海军医院及海军养病院所；预备平时、战时治疗物品。

　　电务课：掌各舰艇电机、无线电机及其他附属器具的购置、供给、修理、检查、试验、保管并稽核电务部年领五金料件；各舰艇电务成绩的统计报告及电务部各项册报稽核；出师准备时电务部应管事项；电务部教育训练。

　　各课设课长1人，译员、技士若干人，任课员总额未逾30人。

　　海军总司令公署为处理事务，还设军士长、准尉官、技手、雇员、兵役若干人。

　　1927年3月14日，海军总司令杨树庄归附国民革命军，3月20日张作霖任命张宗昌为海军总司令，节制东北、渤海两舰队。

　　1928年2月4日公布《海军总司令公署条例》，规定设海军总司令1人，直隶于大元帅，任务是管理用兵事宜，指挥监督所属各舰队及各附属机关，随时报告于军事部，凡关于海军行政事务并受军事部的监察指示。又设副司令1人，辅助总司令整理本署事务。

　　该署内设参谋长1人，参谋15人，副官长1人，副官4人，轮机长1人，轮机员5人，军需长1人，军需员4人，秘书长1人，秘书7人，军医官1人，电报员3人。其职权如下：

　　参谋长、参谋：参谋长承总、副司令之命参赞军务；参谋辅助参谋长分掌军务、军衡、军械及训练事务。

　　副官长、副官：掌宣达及一切庶务。

　　轮机长、轮机员；掌理轮机事务。

　　军需长、军需：掌理军需事务。

　　秘书长、秘书：掌理机要、文牍、典守印信。

　　军医官：掌理军医事务。

　　电报员：掌理收发、翻译电报事务。

　　该署还酌情设军士长、军报生若干人。

　　海军总司令公署于1928年6月结束。

　　海军总司令处（公署）直属单位有：海军第一舰队司令处、海军第二舰队司令处、驻粤海军舰队司令处、海军吉黑江防司令公署、海军练习舰队司令处、海军渤海舰队司令处、烟台海军练营、南京海军鱼雷营、吴淞海军医院、南京海军养病院、烟台海军养病院、上海高昌庙海军养病所等。

　　（冯  蓉  撰）