1924年冬，孙中山北上时，曾提出要设立中央学术院为全国最高学术研究机关。1927年5月，国民党中央政治会议决议设立中央研究院筹备处。同年10月，中华民国大学院成立，依该院组织条例规定，应设一中央研究院，乃聘筹备员30余人，于11月召集筹备会议，制定中华民国大学院中央研究院组织条例，确定中央研究院为全国最高科学研究机关，是大学院组织之一部分，受大学院之委托，实行科学研究，并指导、联络、奖励全国研究事业。

　　1928年4月，改中华民国大学院中央研究院为独立的国立中央研究院。6月9日，该院正式成立。11月公布中央研究院组织法，确定该院为全国最高学术研究机关，直隶于国民政府。其任务是：实行科学研究，指导、联络、奖励学术之研究。1948年5月“行宪”以后，该院直隶于总统府。

　　中央研究院设院长1人，由国民政府特任，综理全院行政事宜。院内之组织，分为以下四部分：

　　1．行政：初设秘书长及会计主任各1人，由院长聘任，承院长之命执行本院行政事宜。1928年11月，改设总办事处，主管全院行政事务。总办事处设总干事1人，受院长指导，执行全院行政事宜。下分设文书、会计、庶务及出版品国际交换4处。1937年2月，改设文书、总务2处和会计、统计2室。1938年3月撤销统计室，统计事务由会计室兼办。1943年，文书、总务2处改称秘书、总务2组。

　　中央研究院还设有院务会议、人事管理委员会、设计考核委员会及驻沪办事处。

　　院务会议：由院长、总干事、各研究所所长、总办事处的总务主任、文书主任及各研究所的组主任组成，以院长为主席。其职权为：审议该院各项章程规则、工作计划；审议该院图书、仪器设备，研究人员著作及发明之奖励和该院与国内外学术机关之连络事项；该院概算之审议与决算之审核；审查该院研究员、副研究员、技正．编纂之资格。

　　人事管理委员会：管理该院职员之进退、迁调、考核、调查、登记、统计、抚恤及公益各事项。以总干事为主任委员，各所所长、总务主任、文书主任、会计主任为委员。总务主任兼办事主任，办理经常事务。

　　设计考核委员会：掌理该院工作计划之审核及工作成绩之考咳。

　　驻沪办事处：办理在沪各研究所的一般行政事宜。

　　2.研究所：研究所是中央研究院的组成部分，而非附属机关。初仅有理化实业研究所、社会科学研究所、地质研究所及观象台等研究机构。其后不断增设，至1948年共有13个研究所，设立情况如下：

　　数学研究所；1941年3月筹设于昆明，1947年7月正式成立。

　　天文研究所：原为大学院观象台筹备委员会的天文学组，1928年2月改组为天文研究所。

　　物理研究所：原为1927年筹设的理化实业研究所的物理组，1928年7月改组为物理研究所。

　　化学研究所：原为理化实业研究所的化学组，1928年7月改称今名。原设有玻璃工场，1934年归工学研究所办理。

　　地质研究所：1927年筹设，1928年3月正式成立。。

　　动物研究所：1929年1月中央研究院筹设自然历史博物馆，1934年7月改称动植物研究所。1944年4月将动物部分改组为动物研究所。

　　植物研究所：1944年4月由动植物研究所植物部分分出改组而成。

　　气象研究所：中央研究院于1927年筹设观象台，1928年2月以观象台之气候组改组为气象研究所。1947年2月物理研究所的地磁部分，也移归气象研究所接办。1941年中央气象局成立后，测候行政部分归气象局办理。

　　历史语言研究所：1928年3月筹备，10月正式成立。初分史学、语言学、考古学3组，1934年社会研究所的民族学组移归史语所为第四组，其研究范围为体质与文化两方面。1944年体质部分另筹备为所，此组遂专重文化方面。1946午夏，体质研究所暂停筹备。

　　社会研究所：中央研究院于1927年冬筹设社会科学研究所，1928年1月正式成立。该所分民族学、社会学、经济学、法制学4组。1934年7月与中华教育文化基金董事会的北平社会调查所合并，同时将民族学组改归历史语言研究所办理，法制学组也因研究人员缺乏而中止。1945年1月改今名。

　　医学研究所筹备处：1944年12月成立。

　　工学研究所：1928年7月，以理化实业研究所的工程组改组为工程研究所。所内设置陶瓷试验场，1930年增设钢铁试验场，1931年增设金工试验场，1934年接办化学研究所的玻璃工场，并与棉业统制委员会合办棉纺织染实验馆。1935年建窑业工场。

　　1945年1月改称今名。

　　心理学研究所：1927年筹设，1929年5月成立心理研究所。1945年1月改称今名。

　　各研究所于筹设初期，设主任1人主持所务。旋改为所长，由院长聘任，综理所务，并指导研究事宜。所内设研究员、副研究员，分为专任、兼任及通信3种，依照规定，提经院务会议通过，由院长聘任。各所依研究科目性质，得分组研究。每组设主任1人，由所长就专任研究员中推荐，经院长聘任。各所还设助理研究员、助理员和研究生。助理研究员由所长推荐于院长函任；助理员由考试选拔经院长函任；研究生，以考试选拔。各所因业务的需要得设编纂、技正、技士等，由院长聘任或函任。各所还曾设秘书1人，由研究员兼任，后改设管理员，专司各项事务。

　　3．评议会：中央研究院设评议会，为全国最高科学评议机关。评议会初以院长聘任国内专门学者30人为评议员组成。院长为评议长，该院直辖之各研究机关主任为当然评议员。1935年改由国民政府聘任的评议员30人及当然评议员组织之；中央研究院院长及各研究所所长为当然评议员，院长为评议会议长。1943年增列总干事为当然评议员。国民政府聘任的评议员，由国立大学及独立学院各院系的教授，按照学科，加倍选举候选人，经评议会选举，呈清国民政府聘任。评议员任期5年，得连任；任期终了前3个月，由评议会选举下届评议员。1947年，评议会改由院士选举的评议员30-50人及当然评议员组成。聘任评议员任期改为3年。

　　评议会的职权是：决定中央研究院研究学术之方针；促进国内外学术研究之合作与互助；中央研究院院长辞职或出缺时，推举院长候补人3人，呈请国民政府遴选；选举中央研究院名誉会员；受国民政府委托之学术研究事项。1943年11月，增列受考试院之委托，审查关于考试及任用人员之著作或发明事项。1947年起，因中央研究院不设名誉会员，故评议会删去选举名誉会员的职权。

　　评议会设秘书1人，由全体会员互推。中央研究院院长辞职或

　　出缺时，由秘书召集临时评议会，推举院长候补人。评议会设秘书处，下分文书、国际科学合作事业2组，办理保管评议会关防、档案；编订议事日程、开会记录；办理促进国际科学事业合作及评议会的外文文稿等。

　　评议会按评议员之相关科目，设分组委员会。

　　4．名誉会员和院士：中央研究院成立之初，即有名誉会员之设。分为个人名誉会员、团体名誉会员和外国名誉通讯员。1928年将外国名誉通讯员改为名誉会员。1943年废除团体名誉会员，仅设评议会名誉会员和外国会员。名誉会员由中央研究院评议会选举在学术上有重大贡献或主持科学研究有重大成绩者充任。按1928年中央研究院组织条例的规定，个人名誉会员享有应用该院一切研究便利与赠阅该院各种刊物的权利。团体名誉会员享有利用该院设备及接收该院经济补助的权利。其后对名誉会员的权利未见有若何规定。

　　1947年以后，中央研究院不再设名誉会员而设院士。院士就全国学术界中对于所专习的学术有特殊著作、发明或贡献，或对于所专习学术的机关领导或主持在5年以上、成绩卓著者选举之。中央研究院院士，第一次由评议会选举，其名额为80-100人；嗣后每年由院士选举，其名额至多15人。院士为终身名誉职。院士的职权为：选举院士及名誉院士；选举评议员；议订国家学术之方针；受政府之委托，办理学术设计、调查、审查及研究事项。院士分为数理、生物、人文3组。国外学术专家，在学术上有重大贡献，经院士10人以上之提议，全体院士过半数之通过，得被选为名誉院士。

　　1949年南京解放前夕，该院迁往台湾；留在南京、上海的人员及物资器材，解放后由人民政府接收。

　　（李祚明 撰）