1925年7月，广州国民政府成立时，即有军事委员会之组织。1927年，i月，南京国民政府成立，21日，蒋介石以国民革命军总司令名义通电军事委员会已由广州迁至南京，并即日开始办公。7月12日，南京国民政府公布新的军事委员会组织大纲，规定：军事委员会为国民政府之军事最高机关，负全国陆海空军编制、统御、教育、经理、卫生及充实国防之责。委员由国民党中央执行委员会遴选负有军事重责及富有军事、政治学识经验者若干人交由国民政府特任之。委员互选5-7人为常务委员，常委互选1人为主席。战时最高军事长官，如国民革命军总司令、西北国民革命军总司令、国民革命军北方军总司令均得出席中央军事委员会常务会议。凡执行军委会之议决案及用军事委员会名义发布命令时，由全体常务委员署名。各省区行政机关执行与军事有关联之事务时，军委会有指挥监督之责。在战时，为指挥统一起见，得设国民革命军总司令，由国民党中央执行委员会于军事委员中遴选1人交由国民政府特任之。军事委员会设总务、参谋、军务、军事教育4厅，海军、航空、经理和政治训练4处。

　　同年11月，废除主席制，改设主席团，由国民党中执会交国民政府于委员中指定若干人组成。发布命令时由主席团常务委员署名，常务委员由军委会所在地之主席团委员推定。紧急重大事件由常务委员负责处理，寻常事件由常务委员公推1人处理。会内设如下机构：

　　主席团办公厅：分设常务委员室和机要室。

　　参谋厅：设厅长办公室及3局，并辖各省测量局。

　　军政厅：设厅长办公室及军务、军械、军医、军法、交通、航空6处。每处均分设若干科办事。

　　总务处：设处长办公室及4科，还有军乐队、输送队、传达队。

　　经理处：设总务、财政、粮服3科及驻沪办事处、护送大队。

　　审计处：设处长办公室及第一（审核）、第二（编纂）和第三（统计）3科。

　　军事教育处：设处长办公室及教育、编译2科。

　　政治训练部：设主任办公室及秘书、总务、宣传、组织4处，并辖各军、师政治训练处，革命军日报社、宣传队、编辑委员会、政治工作人员养成所、国民剧场、驻沪事务所和前方办事处等。

　　兵站总监部：设兵站总监、参谋长各1人，下置参谋、副官、秘书、野战经理、野战交通5处，并辖各兵站支部、独立分站等。

　　1928年2月，废除主席团，设常务委员11-15人，并以1人为主席。凡执行军事委员会之议决案及用军事委员会名义颁发命令，由主席及常务委员署名。紧急重大事件由主席与常委负责处理。国民革命军总司令得兼任军委会主席。会内设常务委员办公厅、参谋厅、军政厅。总务厅、经理处、审计处、军事教育处、政治训练部和法规编审委员会等。

　　同年11月，以北伐完成，军委会与国民革命军总司令部一并撤销，另设参谋本部、训练总监部和军事参议院直隶于国民政府，设军政部隶属于行政院，以国民政府主席统率陆海空军。

　　1932年1月29日，为适应当时国内外形势的需要，国民党中央政治会议议决重设军事委员会。3月5日国民党四届二中全会通过新的组织大纲，6日公布蒋介石为军事委员会委员长，18日蒋介石就职，21日军委会正式办公。

　　新成立之军事委员会仍直隶于国民政府，为全国军事最高机关。其职掌为：关于国防、绥靖之统率事宜；军事章制、军事教育方

　　针之最高决定；军费支配、军实重要补充之最高审核；军事建设、军队编遣之最高决定；中将及独立任务少将以上军官任免之审核。

　　军委会初设委员7-9人，由中央政治会议选定，国民政府特任；又行政院长、军政部长、海军部长、参谋总长、训练总监、军事参议院院长为当然委员。设常务委员5人，主持日常事务及轮流充当开会时之主席。日常重要事务，用会议方式决定，以该会名义施行。3月，国民党四届二中全会通过的该会组织大纲修改为：设委员长1人，常务委员3-5人。常务委员辅助委员长筹划一切事宜。军令事项，由委员长负责执行；其他职掌事项，由委员长召集常务委员或委员以会议讨论决定后，交由各主管部办理。设办公厅办理会内事务。

　　7月，军委会的组织再作修改。行政院长不再为该会当然委员，但得出席委员会议。军委会设办公厅及第一至第三厅，各厅厅长均为当然委员。国民政府直辖之参谋本部、训练总监部、军事参议院及行政院所辖之军政部、海军部均受军委会指导。

　　1933年8月，军政部航空署改隶于军委会，1934年5月航空署改组为航空委员会，仍直隶于军委会。

　　1934年4月，铨叙处改组为铨叙厅，并成立马政委员会。

　　1935年3月，委员长之下设办公厅、各部院长办公室、铨叙厅、审计厅、政治训练处、航空委员会、防空委员会、军医设计监理委员会、马政委员会、军事长官惩戒委员会、资源委员会及调查统计局。6月，禁烟总会改隶于军委会。8月，军医设计监理委员会与军政部军医司合并为军医署（1937年7月改隶于军政部）。12月，增设副委员长2名。

　　1936年1月，委员长南昌行营侍从室扩组为军委会委员长侍从室。

　　至1937年3月，军委会于委员长、副委员长之下设有委员长侍从室、各院部长办公室、办公厅、审计厅、铨叙厅、航空委员会、军事长官惩戒委员会、资源委员会、马政委员会、调查统计局、防空

　　处、政训处、军法处和中央各军事学校毕业生调查处。

　　1937年7月卢沟桥事变爆发。8月，国民党中常会议决由军事委员会委员长行使陆海空军最高统帅权，并授权对于党政统一指挥，“凡属中央党政各机关适应战时之各种特别设施，令行各省市地方党政机关办理者，概行先送军事委员会委员长核定施行。”军事委员会也进行了改组，于委员长之下设参谋总长、副参谋总长、秘书长、副秘书长各1人，设第一部（掌军令）、第二部（掌政略）、第三部（掌国防工业）、第四部（掌国民经济）、第五部（掌国际宣传）、第六部（掌民众组训）、管理部、后方勤务部、卫生勤务部、警卫执行部、秘书厅、侍从室、军法执行总监部和总办公厅。直隶于国民政府的参谋本部、训练总监部、军事参议院和隶属于行政院的军政部、海军部仍受其指挥。

　　10月，成立贸易调整委员会、农产调整委员会和工矿调整委员会。

　　11月16日，国民党中央常务委员会通非常时期党政军机构调整及人员疏散办法，决定中央党部的组织、训练、宣传3部暂归军事委员会指挥；军委会第二部取销，其职掌与总动员有关者归总动员设计委员会办理；第五部取销，所掌事务由中央宣传部成立国际宣传处承办。

　　1938年2月，军委会第一部改组为军令部，国民政府参谋本部同时并入；第三、四部并入行政院经济部；第六部结束，成立政治部。农产、工矿两调整委员会改隶于经济部；贸易调整委员会改隶于财政部；禁烟委员会改隶于内政部；行政院海军部改组为海军总司令部，直隶于军委会；国民政府训练总监部改组为军委会军训部，军事参议院改隶于军委会。

　　经调整改组后的军事委员会设委员长1人，统率全国陆海空军并指挥全民，负国防之责；委员7-9人，由国民党中央政治委员会选定，国民政府特任；参谋总长、副参谋总长，军令、军政、军训、政治四部部长及军事参议院院长为当然委员，各委员襄赞委员长

　　?筹划国防用兵。参谋总长、副参谋总长各1人；参谋总长为委员长之幕僚长，指导该会所属各部、会、厅襄助委员长处理该会一切事务，副参谋总长辅助参谋总长处理该会一切事务。设军事参谋官若干人，备委员长之咨询。军委会本部设有办公厅、委员长侍从室和参事室。其下辖机构有军令部、军训部、政治部、军法执行总监部、航空委员会、铨叙厅、军事参议院、后方勤务部、海军总司令部和调查统计局，并直接指挥行政院军政部。

　　1938年8月，设抚恤委员会。

　　1939年，先后设立战地党政委员会、法制委员会、战时新闻检查局、军事运输总监部、点验委员会、校阅委员会、考核委员会。

　　1940年d月设立运输统制局、炮兵总指挥部和技术研究室。

　　1941年1月成立外事局。

　　1942年12月运输统制局结束，其监察处改组为军委会水陆交通统一检查处，附辖于办公厅，同时于军委会内设运输会议，统筹交通运输。

　　1943年1月裁撤战地党政委员会。3月，裁撒炮兵总指挥部。

　　1944年1月，副参谋长增至2人。

　　1944年10月，军政部兵役署改组为兵役部，隶属于行政院，兼受军委会指挥。

　　1945年1月，设战时运输管理局，运输会议同时结束。2月，后方勤务部改组为后方勤务总司令部，隶属于军政部。4月，军委会交通警备司令部、水陆交通统一检查处和财政部缉私署合并改组为军委会交通巡察处，附辖于军委会办公厅。

　　此外，军委会还先后设立国际问题研究所、邮航检查处（其前身为1938年9月成立的特检处）、俄文编译馆等机构。

　　至1945年6月军委会直辖及指挥的机构有：

　　委员长侍从室、参事室、技术研究室、国际问题研究所、参谋总长办公室、办公厅、法制处、考核处、邮航检查处、俄文编译馆、伤残官兵及抗属调查慰问组、汽艇管理所（法制处以下6机构附辖于办

　　公厅）；军令部、军政部、军训部、兵役部、政治部、军法执行总监部、海军总司令部、军事参议院、航空委员会、抚恤委员会、铨叙厅、外事局、战时运输管理局、战时新闻检查局、交通巡察处、工程委员会、干部训练团、知识青年从军编练总监部、宪兵司令部。

　　1945年8月，抗日战争胜利。同年10月，军委会撤销战时新闻检查局。11月，撤销参事室；侍从室改编为国民政府军务、政务两局；兵役部缩编为军政部兵役署。12月，国际问题研究所、俄文编译馆归并于军令部第二厅；海军总司令部改组为军政部海军署；战时运输管理局改组为交通部公路总局。1946年3月，交通巡察处改组为交通部交通警察总局。

　　军委会管辖的机构，1928年10月以前还有各总司令部、各路总指挥，备军、独立师、特种部队和要塞；各省军事厅、卫戍司令部及首都戒严司令部；各兵工厂、制造局；海军总司令部。

　　1932年以后，有西安、桂林两办公厅，南昌、武汉、昆明、汉中、重庆、成都、西昌、兰州、天水等各委员长行营以及军风纪巡察团、战地服务团等派出机构；有各绥靖公署及各地卫戍、防空、警备、防守等总司令部；各省军、师管区司令部等地方军事机构；中国陆军总司令部、备战区司令长官部、集团军、挺进军、别动军司令部等军事指挥机构。

　　抗日战争胜利以后，国民党当局认为：过去军委会超然五院之外，且与行政院同等地位，不合以军属政；又组织庞大，事权不一，协同不便，故于1946年6月，改组为国防部，军委会至此结束。

　　（李祚明 撰）