北京政府陆军部于1912年4月29日成立，是管理全国陆军行政事务的最高军事机关。初建时，该部设总长、次长各1人，秘书3人，编纂3人，司务5人，主任1人。部内设6司：

　　军衡司：下设任官、赏赉2科。

　　军务司：下设军事、步兵、骑兵、炮兵、工兵5科。

　　军械司：下设枪炮、材具2科。

　　军需司：下设会计、粮股2科。

　　军医司：下设卫生、医务2科。

　　军学司：下设教育、步兵、骑兵、炮兵、工兵、辎重6科。

　　每司设司长1人，各科设科长1人及科员若干人。

　　北京政府于1912年9月1日公布了《陆军部官制》，规定陆军部其任务是管理陆军军政，统辖陆军军人、军属，监督所辖各官署。

　　陆军部设总长1人，次长1人。部内机构设1处1厅8司，即：参事处、总务厅及军衡、军务、军械、军学、军需、军医、军法、军马8司。各处、厅、司的职掌与编制如下：

　　参事处：设参事4人，承长官之命，掌拟订及审议法律命令案事务。

　　总务厅：下置机要、统计、庶务3科，分别掌理机密及陆军文库；典守印信；征发物件表报告及统计；各项公文函件之纂辑、保存及收发；部内文官任用；部内风纪，其他不属于各司的事项。

　　总务厅设秘书长1人，秘书3人，副官14人。各科设委员长、委员若干人，分掌各科事务。

　　军衡司：下置任官及赏赉2科，分别掌理陆军军官、军佐及军用文官的任免、转补；调查各兵科人员；考绩表、兵籍战时名簿及军用文收名簿；保管军官、军佐、军用文官及战时职员表；编纂年格、名簿；赏赉、叙勋、记章、褒章及赏给 ; 休假；废兵处置；陆军军人结婚；养赡等事项。

　　军务司：下置军事、步兵、骑兵、炮兵、工兵5科，分别掌理陆军建制及编制；整旅计划之准备执行；戒严及征发；军队配置；战时各项规则；各军队之军纪、风纪；陆军军旗；陆军礼节、服制、徽章；各兵科及军乐队；各兵科军官、军士以下人员之调用及其补充；征募、召集及解兵、退伍，军队内务、卫戍、勤务及宪兵服务；练兵场及射击场；要塞兵备；重炮兵之设置及分配；运输、通信、电气、电灯、轻气球、飞行器；水陆交通；要塞建筑及其用地并要塞地带；要塞司令处、陆地测量部及交通各队等事项。

　　军械司：下置兵器、保管2科，分别掌理军用枪炮、弹药之制式、筹划、支给、交换及检查；要塞备炮；技术审检院、兵工厂、军械局；军用器具材料之制式、筹划、支给、交换；攻城、守城、交通所用兵器、器具、材料之备办；各项器具材料之经理及检查，军火各禁令等事项。

　　军学司：下置教育、步兵、骑兵、炮兵、工兵、辎重兵6科。分别掌理所辖各学校一切章程之制定及其筹办；拟定所辖各学校教育纲领及计划并审查各教科书；所辖各学校职员奖罚；所辖各学校学生奖罚及考试；留学生一切事件，并选派高等专门学员；拟定各兵科操典及教范；军队教育、训练、改良；全国军队校阅及特种兵演习；编辑及印刷；编订军语、军队符号及各军用图籍表及其他教育、训练等一切事项。

　　军需司：下置会计、粮服、建筑3科，分别掌理军服之经理及检查；军服、粮秣及马匹等给与之规定；平时，战时粮秣之给与及准备；战时炊具及洗马器具；军服、粮秣之制造、购置；军队用具消耗品及埋葬用物料等之准备；军人祠宇及军用坟地；军需运用；各军需官勤务；各军需处人员之教育、考绩及其补充；经费出纳并预算、决算；编制整旅之预算；会计稽核；各军需处；规定俸给及旅费；各种给与及军需规定之审查；出纳之官吏；与财政官署有关系事项；陆军用地及建筑；陆军所属官产；规定军用金钱箱柜及行李等事项。

　　军医司：下置卫生、医务、兽医3科，分别掌理军医、兽医各种诊疗机关；体格检查；伤病等差之诊断；防疫及卫生试验；卫生材料及蹄铁；战时卫生、勤务各种规则；军医、司药、兽医所属各项人员之勤务、教育、考绩及其补充；卫生报告、统计及调查；红十字会及恤兵团体等事项。

　　军法司：掌理陆军军法；陆军司法官及监狱职员之考绩及其补充；陆军监狱；赦免及罪人之处置；高等军法会审等事项。

　　军马司：掌理军马监及牧场之管理；军马之供给、喂养、保存及征发；改良马种及购买军马；蹄铁术之教育；军牧人员之教育、考绩及其补充等事项。 

　　各司设司长1人，承总长之命、总理一司事务；设司副官8人；技正4人，技士8人；科长及一等军法官至多不得超过50人；科员及二、三等军法官不得超过200人。

　　1914年5月，陆军部因“部务繁忙”，增设次长1人。7月10日陆军部修正官制，该部隶于大总统，设次长2人；总务厅增设秘书1人，共4人、纂译官4人、副官由原来的8人减为6人。军马司改称军牧司。

　　1915年7月陆军部军学司并入陆军训练总监。

　　1916年袁世凯死后，陆军部恢复元年官制。

　　1917年8月6日陆军训练总监撤销，应办事宜交陆军部，该部逐恢复军学司，其职能与编制未变。

　　1927年7月北京军政府成立，陆军部并入军事部，改设陆军署。

　　陆军部所属单位如下：

　　陆海军会计审查处、陆军会计审查处、陆军部外交筹办处、陆军部外交事务处、陆军部俘虏情报局、陆军部俘虏审检委员会、京师宪兵司令部、京师一带稽查处、京师军警督察处、军政执法处、高等军法会审处、陆军军法裁判处、高等军事裁判处、陆军驻保执法处、陆军监狱、陆军部京兆征募局、陆军部河洛征募局、陆军部训练处、陆军部粮服局、陆军被服厂、陆军制革厂、陆军卫生材料本厂、保定军械局、三家店军械局、上海制造局、汉阳兵工厂、汉阳钢药厂、德县兵工厂、四川兵工厂、广东兵工厂、金陵机器制造局、陆军部清理营产委员会、军事交通处、陆军大学、陆军军官学校、陆军讲武堂、陆军测量局、军学编辑局等。

　　（冯  蓉  撰）