教育部于1912年4月21日成立。是年8月2日、12月24日分别公布了《教育部官制》和《教育部分科规程》，规定教育部掌管教育、学艺及历象事务并监督全国学校及所辖各官署。

　　该部设总长1人，次长1人，参事4人，视学8人。部内设1厅3司，即：总务厅、普通教育司、专门教育司及社会教育司。其职掌与编制如下：

　　总务厅：下设秘书处、编纂处、审查处、文书科、会计科、统计科及庶务科。分掌直辖学校及公立学校职员；教育会议；审查、编纂事项；学校卫生；学校、图书馆、博物馆等的修建；教育博览会；典守印信；编制统计、报告；登记职员进退；纂辑、保存、收发各项公文函件；办理该部预、决算；稽核会计；管理该部官产、官物及其他不属各司事务。该厅设秘书、佥事、技正、主事若干，分掌各处、科事项。

　　普遍教育司：下设第1-5科，分掌师范学校、中学校、小学校及蒙养园；普通实业学校、盲哑学校及其他残疾等特种学校，及与以上相等的各种学校；学龄儿童就学；检定教育事项。

　　专门教育司：下设第1-3科，分掌大学校、高等专门学校及与以上相等的各种学校；外国留学生；历象；博士会、国语统一会；医士、药剂士开业试验委员会；各种学术会；授学位等事项。

　　社会教育司：下设第1-2科，分掌厘正通俗礼仪；博物馆、图书馆；动、植物园等学术事项；美术馆、美术展览会；文艺、音乐、演剧等；调查及搜集古物；通俗教育及讲演会；通俗图书馆巡行文库；编辑、调查和规划通俗教育等事项。

　　各司设司长1人，佥事、主事若干，分掌各项事务。

　　1913年12月2日公布《修正教育部分科规程》，对各厅、司下设机构稍有变化。

　　总务厅改设编审处，辖文书、会计、统计、庶务4科；普通教育司改设4科。专门教育司和社会教育司均无变化。

　　1913年12月22日公布《修正教育部官制》，对社会教育司的职掌增加了感化教育、公众体育及游戏两项业务。

　　1914年7月10日再次修正公布《教育部官制》，规定该部直隶于大总统，但其职掌与部内所设机构均无变化。

　　1916年6月29日，北京政府宣布恢复《临时约法》，教育部亦同时下令恢复1912年官制，部内仍设总务厅、普通教育司、专门教育司及社会教育司。

　　1918年12月7日公布《改订教育部分科规程》，对其内部机构略有调整。

　　总务厅下设编审处、秘书处（下辖文书、会计、统计及庶务4科）；普通教育司下辖师范、中学、小学和实业4科；专门教育司下辖大学、专门及留学3科；社会教育司下辖图书、博物和通俗2科；增设参事室及视学处。

　　1927年7月12日和10月22日再次分别公布《教育部官制》、《修正教育部分科规则》。规定该部直隶于大元帅。部内总务厅、普通教育司、专门教育司及社会教育司的下属机构亦有所变动。总务厅下设文书、会计、统计、庶务4科；普通教育司下设4科；专门教育司下设3科；社会教育司下设2科。

　　教育部于1928年6月撤销。

　　教育部直属机构有编审处、中央观象台（1926年10月划归国务院）、历史博物馆、国语讲习所、国语统一筹备会，通俗教育研究会、京师学务局、中央公园图书阅览所、经理欧洲留学生事务所（留美留欧学生监督）、经理日本留学生事务所（留日学生监督）；各省教育厅、学校、图书馆、编译馆等。

　　（喻春生 撰）