财政部国库署成立于1939年10月4日，由国库司改组而成。

　　1927年5月，财政部成立时即设立国库司，主管国家资金运用、出纳，发款命令之稽核，国库出纳计算书之编制，国库簿之登记，政府各种基金及储蓄保管诸事项。1939年10月4日，因实施国库法，改国库司为国库署，掌理国库行政事务及监督地方公库行政事务。该署设置正、副署长各1人，秘书2人，下设4科及会计室。其职掌分别如下：

　　秘书：承署长之命办理机要、文书及交办事务。

　　第一科：掌理关于公库事务之监督指挥、推进；公库规章之拟订、审核及解释；代理公库银行及所订契约之核准；该署主管行政计划及工作报告之编制；文件之收发、分配、撰拟、缮校及保管；典守印信；职员及出纳人员之监督与考核；该署所管契据证件之保管及出纳、庶务诸事项。

　　第二科：掌理国家收入事项。

　　第三科：掌理中央机关普通及特别岁出事项。

　　第四科；掌理中央政府特种基金收支及国有财产管理事项。

　　会计室：掌理该署经费之岁计、会计及统计事项。

　　该署还设稽核若干人，承长官之命稽核各项收支报告书表、簿

　　籍、凭证及其他交办事项。

　　1942年2月，将原设4科1室，扩充为6科2室。第一科：在原有职掌基础上，另增加关于该署人事管理及铨叙机关之委办事项。第二科：仍掌国家收入事项。第三科：掌理中央机关普通及特别岁出事项。第四科：掌理省市机关普通及特别岁出事项。第五科：掌理中央及省市机关建设岁出及特别基金事项。第六科：掌理债款、捐款之岁入岁出事项。会计室：掌该署经费之岁计、会计、并佐理财政部会计长办理国库出纳之统制会计事项。统计室：掌国库及县市库之统计事项。

　　1942年财政系统改行两级制后，该署事务日益繁重，故1944年2月，扩展组织为9科2室。第一科：掌理公库行政、捐献及国有财产事项。第二科至第六科及会计、统计2室职掌未变。新增之第七科，掌理生活补助费事项。第八科：掌理公粮代金事项。第九科：掌理总务。

　　1946年9月，该署紧缩机构，裁并为7科。第一、二、五科职掌未变，第三科掌普通及特别岁出，第四科掌生活补助费，第七科掌理总务。

　　（杨璐 撰）