1941年9月，为统一全国水利行政，设立了行政院水利委员会。

　　行政院水利委员会设主任委员1人，常务委员4人，委员若干人，由行政院聘任，其中以内政、财政、经济、交通、农林、粮食各部部长及赈济委员会委员长为当然委员。设秘书长1人，由行政院派充。主任委员综理会务，秘书长秉承主任委员之命处理会务．会内设秘书、工务2处及秘书、专员、视察、技术5室，其组织及职掌如

　　下：

　　秘书处：下设4科，分掌文件之收发．、分配、缮校；档案编存、整理；典守印信；会议记录；该会及附属机关职员、雇员之任免登记、考勤、考绩及铨叙；该会经费及事业费之出纳；附属机关款项之汇拨；现金、证券、契约、票据之登记保管，公物购置、分配及管理，公役管理及训练等事项。 --

　　工务处：下设4科，分掌水利行政设施之规划及指导；水权之处理及登记；兴办水利之奖励及推进；水利法规之拟订；水利工程之督导、考核及验收；水利建设经费之审核；水利工程之养护、管理、考察、调查及统计；特定水利工程之实施；水利事业之查勘、设计及审核、统计；水利技术资料之征集整理；水利工程标准之拟订；技术人员之训练；水利技术问题之研究及试验；水利测量之审核及整理；气象水文之测验、整理及测绘仪器之制造与保管；制定水利

　　测量之实施等事项。

　　秘书室：掌理机要文电及交办事项。

　　会计室：掌理该会会计、岁计、统计事项。

　　视察室；掌理视察各水利工程进行情形。

　　专员室：掌理特定交办及考核工作事项。

　　技术室：掌理交办水利技术问题之研究、重要计划之审议等事项。

　　1943年，增设人事室及统计室。

　　1944年1月，该会处务规则规定各处室职掌如下：

　　秘书室：掌理各处室文稿之审核；机要文件之拟办并协助主任委员筹划会务。

　　技监室：下设4组，掌理水利事业之研究、规划、实施与推进；重要工程计划及水利技术问题之研究、审核；水利技术资料之征集、整理；查勘工作之筹划及报告之整理编辑；各项水利工程之考察等事项。

　　秘书处：下设4科，除关于人事事项移交人事室办理外，余基本依旧。

　　工务处：下设4科，职掌依旧。

　　会计处：下设3科，掌理该会及所属机关会计人员之任免、调迁、训练、考绩及调查、登记；会计制度之设计及规章之审订；该会所属机关财务收支统制记录之登记，收支账目之稽核；财务之清理及契约之审议；各项费用之审核；各项经费概算、预算、决算之审核、汇编；该会及所属机关财务效能之建议等事项。

　　人事室：掌理人事规章之拟订，人员任免、迁调及级俸之签核；铨叙之查催；人员抚恤及福利；人员训练及人事调查统计；人员考勤、考绩、考试等事项。

　　统计室：掌理统计册籍、图表格式之制订；编制统计统一办法之推行，统计材料之登记调查及整理汇编；统计报告之编纂及所属各机关统计人员之指导、监督；所属各机关统计工作之分配及统计

　　册籍图表格式之审查制订；所属各机关统计报告之审核汇编及统计工作、人事报告之核转等事项。

　　1944年11月增设参事2人，改秘书处为总务处。

　　1945年3月，修正该会组织法，改设委员长、副委员长各1人，委员长执行水利委员会会议之决议并综理会务，监督所属职员及各机关；副委员长辅助委员长处理会务。设委员7-9人，秘书5人，又增设视察4人，办理视察事务。参事仍为2人，负责撰拟审核该会主管之法案、命令。人事室主管之水利技术人员训练及登记事项划归总务处办理，同年7月，又将该项业务划归工务处。

　　1946年7月18日，行政院水利委员会改为水利委员会，其组织及职能无变化。

　　1947年5月，水利委员会改组为水利部。掌理全国水利行政事宜。设部长1人，综理该部事务，监督所属机关及职员；政务次长、常务次长各1人，辅助部长处理部务。内部机构设秘书、参事、技术3厅，水政、防洪、渠港、水文、总务5司及会计处、统计室和人事室。其职能如下：

　　水政司：下设3科及资料室，掌理水权之处理及登记；水利机构之规划及组织；兴办水利之奖励；诉愿事件之处理；水利刊物之编辑及其他水利行政事项。

　　防洪司：下设2科，掌理洪水之控驭，堤防之规划及修守；报汛及防汛；水力工程之规划、兴修及管理、养护；水力机械工具之研究、改进及推广；民营水力事业之督导及其他有关防洪事项。

　　渠港司：下设2科，掌理水道之整理、改进及养护；运渠及大规模灌溉事业、排水工程、洗碱及放淤工程之规划、兴修、管理、养护和其他有关渠港事项。

　　水文司：下设2科，掌理水文测验之规划及实施；水道地形之测量；水工土工之试验及研究；水工土工仪器之研究与制造及其他有关水文事项。

　　总务司：下设4科，掌理文书之收发、撰拟、缮校、保管；印信之

　　典守；款项之出纳与保管；公有财产及物品之保管；庶务及不属于其他各司事项。

　　秘书厅：掌理机要文稿之撰拟；各厅、司、处、室文稿之审核；电务之管理，重要稿件之复核；长官讲演记录及手谕、紧急文件之催办、检查；机密文件之保管；新闻之发布等事项。

　　参事厅：下设2组，掌理法规之撰拟、修订、审核与公布、解释；诉愿与涉及法律案件之审议等事项。

　　技术厅：下设3组，掌理水利事业计划之研究、规划；工程计划之审核；水利技术问题之研究、审核及技术标准之拟订；水工学术之研究等事项。

　　会计处：下设3科，掌理该部及所属机关预算、概算、决算之调查、核编、核转、登记；各项验收及监标之会办；该部及所属机关会计制度、章则之设计、修订、核转；债权、债务契约之审议；支付凭单之核签；记帐凭证、会计簿籍之编制、登记；该部会计报告之编送；该部及所属机关会计人员之任免、调迁、训练及考核；会计法令规章之审订、解释等事项。

　　人事室：掌理人事规章之拟订；人员任免、迁调及级俸之签核；铨叙案件之查催；职员福利、抚恤、训练及进修；人事登记、调查及统计；职员考勤、考绩等事项。

　　统计室：掌理统计报告之编纂；统计册籍、图表格式之制订；统计材料之登记、调查及整理汇编；所属机关统计人员之指导、监督及统计工作之分配等事项。

　　同年11月，增设器材司，下设3科，掌理水工器材之采购、验收、装配、修理、分配、运输及研究、制造；水工机械技工之训练及其他有关水工器材事项。水文司原主管之水工土工仪器之研究及制造事项也由器材司接管。

　　此外还设有视察若干人，承长官之命，视察所属机关及各地水利行政事项。

　　1949年4月，水利部缩编为经济部水利署，仍掌理全国水利

　　行政及水利事业。设署长1人，综理该署事务，监督所属机关及人员；副署长1人，辅助署长处理署务；秘书3-4人，技正、技士、技佐及视察各若干人，并因事务之需要聘派顾问和专门人员。内部机构设水政、工务、设计、总务、会计5处及统计、人事2室。各处室职掌如下：

　　水政处：掌理原水利部水政司及器材司之职掌。

　　工务处：掌理原水利部防洪、渠港、水文等司办理之各种水利工程施工督导及管理养护等职掌。

　　设计处：掌理原水利部防洪、渠港、水文等司办理之各种水利工程之规划及设计事项。

　　总务处、会计处、统计室、人事室之职掌分别与原水利部总务司、会计处、统计室、人事室之职掌基本相同。

　　1949年8月，经济部水利署缩编为经济部水利司。

　　水利部（含行政院水利委员会、水利委员会，下同）还陆续设有诉愿审理委员会、法规编审委员会、技术人员资历审查委员会、设计考核委员会、财务审查委员会、水权登记审核委员会：学术审查委员会、建筑工程委员会、水利法规修订委员会等各委员会。

　　水利部的下属机构有：

　　淮河水利工程总局（导淮委员会）、黄河水利工程总局（黄河水利委员会）、长江水利工程总局（扬子江水利委员会）、华北水利工程总局（华北水利委员会）、东北水利工程总局、珠江水利工程总局（珠江水利局）、江汉工程局、泾洛工程局、中央水工实验处、水利示范工程处、湖北堤工专款保管委员会、新疆水利勘测总队、甘肃河西水利工程总队、黄河堵口复堤工程局及各勘测队、水文站。

　　（任 荣 撰）