抗日战争爆发以后，兵源补充日益紧迫，兵役业务日渐增多。1939年2月，军政部兵役司改组为兵役署，为军政部主管兵役行政工作的专门机构。

　　兵役署设署长1人，综理署务。署内设有总务处、役政司、征补司和会计室。1939年12月，役政司国民兵科扩编为国民兵司。1940年6月增设设计委员会。9月，总务处经理科扩编为经理处。依据1941年2月修正公布的《军政部组织法》的规定，兵役署内部各处司职掌如下：

　　总务处：设2科2室。掌理文书的撰拟、收发、承转、审查和编校；该署及兵役机关人事之核转、登记；典守署印；该署各项业务之调查、登记、统计；办理庶务、出纳事项。

　　经理处：设3科。掌兵役机关部队经费之核发、保管及汇兑；登记账目、编制报表；保管传票及核对各管区月报；兵役管区团队被服之筹办、补充，配备调拨、报废；被服经费之出纳。

　　役政司：设3科。掌兵役管区之规划、设置与推行；兵役实施人员之训练、考核、奖惩；常备兵之服役及常备军官佐之退役、除役实施事项；在乡军人之调查、管理；兵役法规之修订、解释；兵役宣传及兵役行政考察。

　　征补司；设3科。掌理适龄壮丁之调查、抽签、检查；现役兵之征集、募集、入伍、退伍和归休事项；征募费之核定与募兵区域之指

　　定；战时补充部队之编练与点校；兵源补充之规划及调拨。

　　国民兵司：设3科。掌理国民兵之组织、调查统计、管理、教育、校阅及召集服役；预备军士及候补军官佐之登记、考核、召集；地方团队相关事项；国民兵干部之训练、分派、考绩。

　　会计室：办理会计事务。

　　1941年12月，增设视察室，掌理各级役政机关奉行法令规章程序考查事项；监交新兵、慰问征属；驻区视察与考核、奖惩；一般控案之调查。

　　1944年10月，兵役署扩组为兵役部，直隶于行政院，兼受军事委员会指导监督，掌理全国兵役行政事宜。兵役部设部长1人，政务次长和常务次长各1人，参事3-5人，秘书4-7人。兵役部保留了兵役署的役政司、征补司、国民兵司和会计室，改组了总务处、经理处，增设军医处，将视察室易名为督察室，另设参事室、秘书室、部附室。新设和改组的各机关职掌如下：

　　总务处：掌理文件收发、保管；典守印信；兵役行政统计；经费出纳、庶务。

　　经理处：掌兵役经费之出纳、综核及编制报表；新兵粮秣、被服、装具、阵营具及一切军需物品之经理、检验、调查；征兵营舍之规划、建筑、管理；补充兵员行军途中之食宿供应。

　　人事处：掌该部及所属各机关部队军官佐属之任免、考绩、奖惩、服役、抚恤；曾受训练之兵役干部的分发、人事调查与统计。

　　军医处：新兵之卫生医疗、防疫、救护；兵役管区卫生机关之筹划、设置及考绩；补充部队军医之派遣及考绩；新兵之体格检查，新兵病、亡之调查统计及抚恤证明。

　　督察处：兵役业务之视察、督导；各地推行兵役法令利弊得失之检讨建议；兵役弊端及违法事件之纠举。

　　渗事室：掌法案命令之撰拟；办理长官交办事项。

　　秘书室：掌该部文稿之审核、呈转；机要文电之处理；会议记录之整理。

　　部附室：掌理该部部附、专员、附员之指挥、监督、考核。

　　1945年11月，兵役部又缩编为兵役署，归还军政部建制。次年6月，随军政部一起撤销，役政由国防部兵役局接办。

　　（孙 武 撰）