军法执行总监部于1937年9月成立，直隶于军事委员会。掌理军队纪律之维持与军法之执行。设总监1人，由军委会特派，综理部务，监督所属职员并指挥宪兵部队；副监2人，辅助总监执行职务，其中1人得以宪兵司令兼任。1939年3月，部内组织如下：

　　设主任秘书1人、秘书2人，办理机要文电、部务会议；综核全部文稿及长官交办事项。

　　高级军法官1-5人，负责撰拟、审核法规、命令及特交军法案件。

　　总务组：掌理文书、经理、人事。

　　审判组：掌理军法审判及监狱。

　　督察组：督察战区及后方各机关职责之奉行事项。

　　此外还设督察员、执行监，分赴备战区执行职务。

　　1945年3月，军政部军法司并入军法执行总监部，该部乃增加管理全国军法行政事务。部内组织，秘书增至5人，高级军法官增至6人，职掌仍旧。设以下机构：

　　总务组：设3科。掌文书、印信；武器管理；经理；部内军风纪及警卫；该部及所属部队训练；员工福利；庶务及不属其他各组事项。

　　军法行政组：设3科。掌理该部业务设计；审核所属机关业务计划及工作报告；该部及所属机关业务之考核及统计；军法机关之设置、废止及其管辖权之划分、变更；军法及监狱人员甄审、训练；没收物品之处分或保管；其他有关军法行政事项。

　　督察组：设2科。掌理督察战区及后方军风纪事项；随军督察战况及检举连坐法犯；检举违反军事法令之罪嫌；控告军人及非军人案件之处理事项。

　　审判组：设5科。负责审理、审核军法案件；通缉、撤缉、赦免、减刑事项；解释法令及送付执行人犯事项。

　　监狱组：设3科。掌理军人监狱及军法机关所属看守所之规划、建设及管理；寄禁军事犯感化与职业训练；军事犯卫生及口粮支给；军事犯调服军役或劳役；其他监所有关事项。

　　人事科：掌该部及所属机关、部队人员任免、考绩、奖惩、抚恤及其他有关人事事项。

　　会计室：掌管该部会计事项。

　　军法执行总监部还设有执法部队，分遣战区或配属军委会战区军风纪巡察团及军法机关执行军法任务。此外，还根据情况需要，在有关机关设置军法监部或军法分监部。 ’

　　1945年11月，军法执行总监部裁撤，由军政部恢复军法司接替其任务。

　　（李祚明 撰）