1927年3月，北京政府海军司令杨树庄率海军起义，参加国民革命军，任海军总司令职。1928年12月，行政院军政部设海军署以掌海军行政，海军总司令部同时裁撤。

　　　　海军署设署长1人，承军政部长之命管理该署事务并统辖所属各机关、学校；副署长1人，辅助署长工作。设秘书4人，办理机要文电及编译事宜；副官3人，任传宣命令及机密差遣；设技正、技监各若干人，办理技术事务。署内设以下机构：

　　　　总务处：设3科。办理印信、文电、交际、调查；署内风纪；会计、出纳；统计报表；官产修缮、保管及不属各司主管事项。

　　　　军衡司：设3科。掌理海军官佐及文官之任免、进补、调查统计、退伍、休假、考绩、奖惩、抚恤；军法与监狱；海务裁判及战时捕获审检等。

　　　　军务司：设2科。掌理海军之建制、戒严f舰队之配置、调遣、校阅与演习；舰队及海军机关风纪；海军礼制与战事规则；运输通讯；给养之储备、补充及防疫、卫生等事项。

　　　　舰械司：设3科。掌理沿江沿海水雷、鱼雷、要塞大炮、舰队、陆战队之配置；海军兵器、舰艇、器材、电机之修造、供给与试验；无线电台之建设及管理等。

　　　　教育司：设2科。掌理海军各专业教育计划及学校章则之拟订；海军教育纲领、计划之调制和教科书之审订；海军学校员生及留外学生之管理；舰队、练习营、鱼雷营训练和管理章程之拟订；各国海军教育之调查等。

　　　　海政司：设3科。掌理海界线之划定；沿江沿海报警、气象、舰标之设施与修建；江海线路及军港、要港之测量；航海图志及航路通则之调制、公布；领海保安及海上救护；各口检疫及有关海政各项计划、方法之审拟与调查等。

　　　　1929年6月，海军署改组为海军部。直隶于行政院，管理全国海军行政事务。设部长1人，综理该部事务，统辖海军军人、军属并指挥监督所属各机关；设政务、常务次长各1人，辅助部长处理部务；参事2-4个，负责撰拟、审核该部之法案、命令；秘书4人，分掌机要文件及编撰、传译事项；副官10人，分任各司处事务；技监1人，技正、技士各若干人，分掌技术事务。部内设以下各司处；

　　　　总务司：设4科。分掌文书、印信；报表统计；部内官佐及文官任用；部内风纪；交际、庶务、出纳及不属其他各司处事项。

　　　　军衡司：设4科。其职掌与前基本相同，但增加礼节制服一项。

　　　　军务司：设4科。除经理事务由经理处办理外，其余职掌基本与前相同。

　　　　舰政司：设4科。掌有关造船、机器、电器各种规则之拟订；船舰制造计划与方法之审拟，所需器材之供应与废弃材料之稽核；造船人员之延聘及造船厂圩之修建；机器、电器之修造、购买与配给；有关材料之试验、检查等。

　　　　军学司：设4科。职掌基本未变。

　　　　军械司：设4科。掌理海军各种武器、弹药之供给、配置、保管、整理、试验、检查与调查统计事项；海军台、垒、厂、库之修建管理及各舰艇舱面杠具之册报稽核事项。 ‘

　　　　海政司：设4科。职掌基本未变。

　　　　经理处：设3科。掌理军服、粮煤之给与和准备；饷项出纳及预决算；会计、稽核；俸给、旅费及各种给与军需规定之审查；经理人员之考绩等。

　　　　1935年6月，经理处改称军需司，设会计、储备、营缮、审核4科。又明定副官之职责为传宣命令、机密差遣及接待来宾。

　　　　1937年1月，军需司会计科改组为会计室，并增设统计室，均受海军部长之直接指挥监督，独立办理会计、统计事项。

　　　　1937年7月抗日战争爆发后，海军损失惨重。1938年1月，海军部裁撤，其经管事务，于同年2月成立海军总司令部办理。

　　　　海军总司令部直隶于军事委员会，掌理海军军务。设总司令1人，承军委会委员长之命，综理海军军务及指挥作战，并监督所属各机关；下置参谋长1人，承总司令之命辅佐军务；秘书4人，负责撰拟机要文件；副官3人，分任宣达命令、交际等事务。设参谋、军衡、舰械、军需4处。参谋处分军务、文书、训练3科。军衡处分铨叙、恤赏2科。舰械处分轮电、兵器、雷务3科。军需处分会计、储

　　备2科。

　　1945年12月，海军总司令部裁撤，于军政部内设海军处。1946年3月，海军处扩组为海军署，设署长、副署长各1人，下置总务、经理、海事、编纂、医务各处，军务、训练、修造、技术各司及人事组、会计室。

　　1946年6月，军事委员会及其所辖各机关改组，成立统一的国防部。原军政部海军署改组为海军总司令部。

　　海军总司令部于1946年7月1日成立。其职责是：海军建设、作战、动员、复员及训练各计划之策定及执行；所属各单位编组之实旅；海军特殊补给品及装备之处理；对海军校尉官之任职、调遣、考绩、奖惩；江海防基地防务计划之策定、实施及要港之警备；海军兵器装备之研究与发展；民航之督导与联系；海军预算之编造及海军一般行政处理事项。

　　总司令部设总司令、副总司令、参谋长、副参谋长各1人。总司，令承国民政府主席（后为总统）之命、参谋总长之指导，综理该部业务；副总司令襄助总司令处理业务；参谋长承总司令、副总司令之命监督并指导全部工作人员执行主管业务；副参谋长襄助参谋长处理业务。1946年，设下列各机构：

　　总司令办公室：设2科。负责审议和处理各单位文件；承办机要或临时交办案件；处理该部文书和业务统计事项。

　　总务处：办理该部员工福利、庶务、交通、交际及书刊管理与印刷事务。

　　第一署：设2处。负责拟订海军人事和训练计划及其实施办法；办理海军人事业务；有关海军教育事项之拟订、审核、监督和指导实施。

　　第二署：设4处。掌理通信之设计、指导、管理与考核；情报计划之拟订及情报之搜集、整理、研究；与各国武官及陆空军之联络；作战计划之拟订及监督实施；动员、复员之实施；有关编制配备及警备事项。

　　第三署：设2处。掌理一切航政之研究设计；航路之设备、统制及商船建造之调查；海道测量及气象台设置之管理、统计、审核；水上保安；军港港务之计划、设备及督导管理。

　　第四署：设3处。掌理舰艇、轮机、通信器材、枪弹及兵器、仪器之计划、购置、供应、保管、研究、设计、改良；造船、修械厂所业务之调查、审核及规章之厘订；材料工具之统筹汇购等。

　　第五署：设3处。掌理财务行政之处理；粮服、燃料及军需物资之采购、供应；预算之编造、审核及监督指导。

　　医务处：办理海军医务及卫生行政事务。

　　军法处：掌理有关海军资料、书刊之搜集、译述、编纂、审核、出版、保管；各项法令规章及信号之拟订、审核与改进。

　　新闻处：研究社会对海军有关之情报与舆论；供给海军官兵新闻与文化教育。

　　1947年，设总司令办公室、总务处、新闻处、军医处、军法处、编纂处、副官处（1947年6月增设，办理总司令部官兵人事业务及海军人事登记、统计与籍录之整理保管；该部命令之发布及文印、档案保管）、监察处（1947年6月增设，掌所属部队、机关学校一切状况之调查考核；行政效率与教育训练之监察）、第一署（人事）、第二署（情报、海政）、第三署（作战）、第四署（供应）、第五署（编组训练）、第六署（技术，1947年6月增设）。

　　1948年4月，新闻处改称政工处；原属第二署之通信处和第四署之预算处、财务处分别独立。

　　1949年8月，编纂处并入第五署，副官处并入总司令办公室，预算处、财务处并入第四署。10月，增设军眷管理处。

　　海军署时期，其下属单位有：海军陆战队、各地海军造船厂、海军工厂、海道测量处、海岸巡防处。

　　海军部时期下属单位除上述者外，还有各舰队司令部、各地要港司令部、海军编译处、海军航空处、海军交通处、海军执法处、海军军械处、各地海军医院、各海军练营和水鱼雷营，海军部驻上海

　　办事处等。

　　海军总司令部时期有下属单位：海道测量局、海岸巡防处、各地造船所与海军工厂、上海军械处、各要港司令部、各舰队、炮艇队、水鱼雷营、鱼雷总队、各练习营、海军军官学校和中央海军学校等。

　　（李祚明 撰）