1946年6月，原军政部后方勤务总司令部及军需、兵工、军医、运输、通信、财务、卫生、抚恤等司、署、处合并，改组为国防部联合勤务总司令部（简称“联勤总部”），统一办理陆海空三军的后方勤务。

　　联勤总部的职掌是：关于陆海空军装备之设计、制造和发展研究；军需补给品之运输、采办、贮藏、分配、发给、保管；陆海空军营舍、仓库之修缮及医药、卫生、福利事项；勤务部队、学校之训练及各部队之交通勤务；办理陆海空军行政、财务、军法、警卫及统计等勤务；处理外籍俘虏拘留、管理之设施等。

　　联勤总部设总司令1人，受国民政府主席（后改为总统）之命、参谋总长之指导，综理陆海空军勤务事宜；设副总司令2人（后增至4人）辅佐总司令处理各项事务。设参谋长1人，承总司令之命，监督指导所属幕僚处理业务，并设副参谋长2人佐理之。

　　联勤总部组织庞大。成立之初，设有总司令办公室、计划指导

　　?处、人事处、情报处、勤务处、补给处、训练处、物资及研究处、总务处和外事处等幕僚机构；运输署、通信署、经理署、兵工署、军医署、财务署、工程署、特种勤务处、抚恤处和宪兵司令部等行政技术机构。各机构职掌如下：

　　总司令办公室：设3科。负责文电、档案之处理；印信典守；公文程序及其效率之管理与策进。

　　计划指导处：设4科。掌理达成联勤部队补给、医护、撤退等任务之计划与方针；勤务设施之步骤与有关经济事项的研究、建议；勤务统计之研究、策进与勤务部队作战效率资料之收集、整理、编撰；简化勤务实施程序之研究与建议。

　　人事处：设2科。负责审拟本部及所属军事和非军事人事之需要、获取与分配计划。

　　情报处：设3科。掌理联勤技术情报与防止情报外泄等计划，并监督其实施；对敌国装备与卤获武器之研究及报告；有关交通运输、物资与仓储、补给等情报之收集、研究与联络。

　　勤务处：设3科。负责审核并建议勤务部队、机关之编制、装备；收集、整理军队及军事机关之编成、调动、设撤等情报资料；运输业务实施及永久通信体制、设备、业务之监督；发展并保持驻地营房基地及其他设备。

　　补给处：设5科。综核一切补给品与装备之储藏、分配、保养及补给；研究、拟定与发布补给品之优先顺序及目录表册。

　　训练处：设2科。负责会同国防部第五厅建立和确定勤务部队军事训练之标准、原则及技术；颁布实施预备（入伍）训练与特种训练之计划及其程序。

　　物资与研究处：设3科。办理各种补给品及勤务部队装备之研究、发展与协助；综核有关补给方案物资之采购与生产；编拟利用国际物资之需要方案并监理实施。

　　总务处：设4科。办理该部的经理、给养及交际联络；该部官兵福利及娱乐事项。

　　外事处：设2科。办理有关军事外交之接待、联络、调查及交通之协助；译述及对外文稿之编撰；协助军事顾问团之福利事项。

　　运输署：设办公室、督察室、调度室、技术委员会、总务处、陆运司、航运司、铁运司、供应司、训练司和财务科。负责指导、协调、监督国防部一切运输业务并管理军事运输之设施；指导国营、民营各种交通设备之改进与运用；汽辎及其他交通部队之编制、装备、补充及训练；军事运输工具、器材、燃料之设计、筹办、修整、保管及配发；编拟关于军队及货物输送船只位置、船只调动以及船只与载货损失之情报资料。

　　通信署：设办公室、研究委员会、总务处、管训司、器材司、技术司和财务科。担任军事通信及照相；监督通信保密及密码暗号之工作与装备；主持通信兵装备之研究、发展、制造、购买、保管、补充及修理；设施并运用各种通信网与编绦各种通信部队；调整并创制军队通信器材、通信方法及程序；各种通信器材之采办与补给。

　　经理署：设办公室、考核室、技术委员会、采购委员会、总务处、生产司、储备司、粮秣司、马政司和财务科。掌理粮秣、被服、装具及一般物品之筹办、生产、储备、分配、补给；建立军需工业、管制军需资源及民营军需工业之指导；军需物品及给与定量之研究改进；各级经理人员之训练；军马之补充、训练、改良、繁殖、保健与民马之指导、管制；官兵军眷福利之筹划、供应等。

　　兵工署；设办公室、综核室、总务处、财务处、警务处、训练司、工业司、研究发展司、外勤司、化学兵司。掌理装备及补给品之发展、设计、采办、储藏、保养；训练专门兵工部队及人员；管理并监督兵工厂一切业务；研究、发展与试验新兵工物品及兵工所用之物资；依国防部原则拟订并发挥化学战部队之战术原理；为参谋总长关于化学战部队之动员事宜之技术顾问。

　　军医署：设办公室、军医技术宣传组、军医史组、技术专员室、考核室、总务处、财务科、医务统计科、卫生勤务司、铨训司、供应司、专门技术司、预防医学司、荣善司。主要掌理确定军人体格标

　　?准；采取防疫及各种治疗技术与完善医院之设备、康复等设施；组织、训练各种卫生单位供应勤务及作战部队需要；供应及储备军医业务所需之器材及装备；决定军人口粮之适当内容。

　　财务署：设办公室、总务处、综计司、审核司、给与司和出纳科。掌理军费分配、运用规划和支出之审核、监督；金钱给与之研究、实践；会计、审计制度之设计、执行；联勤各财务机构业务之指导、考核。

　　工程署：设办公室、考核室、技术委员会、总务处、工兵司、器材司、营建司、营产司、财务科。负责确保该署筹办之装备及补给品按时定量补给部队；军事建筑计划之执行及其修理≯筹置并处理军队不动产；管理、监督工兵补给品及装备之采办、储藏与分配。

　　特种勤务处；设3组l科。办理军中合作社、电影、图书、体育及娱乐等设施。

　　抚恤处：设办公室、总务组、核恤组、恤金组。办理陆海空军抚恤法规、章则之撰拟、修正、解释及编纂；官兵阵亡病故及残伤恤金之核定与发给；陆海空军忠烈事迹之表扬、褒奖及遗族福利之设计与执行。

　　宪兵司令部：设司令、副司令、参谋长、副参谋长各1人；办公室、总务处、警务处、人事处、军械处、经理处、军医处和军法处。其职掌是：担任国家元首及国防部安全之警卫及紧急计划之实施；整饬军纪、防护军机、维护军益及镇压骚动；军人犯罪、军事犯罪及外事犯之调查、拘提、逮捕、侦讯及押解；查缉间谍、奸细；警防敌间之潜伏与活动；俘虏之管理、侦讯及押解；补给机构及补给秩序之维持；国防及治安秩序有关之事项。

　　1947年5月，联勤总部修订组织编制，于总司令、副总司令、参谋长、副参谋长之下，设办公室、第一至第六处、总务处、军法处、新闻处和监察处等参谋机构；宪兵司令部、特种勤务处、工程署、财务署、军医署、兵工署、经理署、通信署、运输署、抚恤处和副官处等行政技术单位。各参谋和行政技术机构的组织与职掌如下：

　　第一处：设5科。掌理总部及直辖单位上校以下暨所属勤务部队、机关、学校校级军官佐属的人事业务。

　　第二处：设3科。掌理联勤技术情报工作。

　　第三处：设d科。其职掌与原勤务处相同。

　　第四处：设4科。掌理原补给处业务。

　　第五处：设3科。掌理原训练处业务。

　　第六处：设3科。掌理原物资与研究处业务。

　　总务处：设3科。职掌与以前相同。

　　监察处；设2科。掌理所属部队、机关、学校一切状况之调查、考核及行政效率与教育训练之监察。

　　军法处：设3科。掌理所属机关、部队、学校军法案件之检察、审判、复核；所属各单位军法业务之督导、考核及提供建议。

　　新闻处：后改称政工处。设3科。掌理新闻、出版与供给官兵文化生活教育；办理部队纪律、士气有关之心理行为、态度之研究、调查l研究社会对联勤部队有关之情报与舆论；全军新闻（政工）工作计划之策定及指导考核。

　　宪兵司令部：仍设司令、副司令、参谋长、副参谋长，下设司令办公室、第一处（人事）、第二处（情报）、第三处（勤务）、第四处（补给）、第五处（编训）、总务处、副官处、军医处、军法处和会计出纳科。该部的职掌是：负责军队中法律及秩序之维持及监督命令实施；保护军事人员及各项军事设施与军用物资之安全；调查、防止军人犯罪并逮捕逃亡官兵及军事人犯；管理军事交通并执行交通规则；关于战俘之搜集、警戒、输送、看管及疏散事宜；军人监狱及战俘集中营之管理及警卫；军机防护及有关情报之供给；奉有特殊命令时，对于社会治安之维持与暴动、扰乱之处理及镇压事宜；关于灾害区域生命财产之保护及平民、难民、侨民、雇用人员之疏散事宜。

　　特种勤务处：设2科。职掌没变。

　　工程署：机构设置及职掌与前基本相同。

　　财务署：设办公室、计划室、总务处、收支司、账务司和审核司。掌理军费分配之执行、运用之研究及支出之审核监督；军费之划拨、保管与总会计；外汇之结购、汇拨；联勤总部主管预算之汇编、分配及监督实行；财预制度之设计、拟订；军用财产之登记、审核；各级财务机构编组及业务之指导、考核等。

　　军医署：设办公室、总务处、组训司、卫勤司、供应司、技术司、荣善司、资料组和财务科。掌理各级独立军医机构设置之规划及其编制、编成与业务监督；医药器材及装备之研究发展、设计生产、采购储藏、保养与补给；医学技术之研究发展与改进；军队保健；荣誉军人之管理、教养及善后事宜；军医资料之编辑、宣传事宜。

　　兵工署、经理署、通信署、运输署的机构设置与职掌基本未变。

　　抚恤处：设办公室及3组。职掌与前相同。

　　副官处：设5科。承办联勤总部官兵人事业务；联勤单位人事登记、统计与籍录之整理、保管；该部命令之发布，文电之收发、缮译、校对、监印及有关编印事宜；各总部永久性档案之保管。

　　1948年5月，特种勤务处扩组为特种勤务署。署内设办公室、技术委员会、总务处、账务司、康乐司、福利司、外事司和预算室。掌理军中生活改善、过境部队招待、军队及伤兵慰劳；军中音乐戏剧、文化体育与电影活动；举办军中消费合作、补助教育及其他福利；美军事顾问团及各国军事人员的招待等。

　　同年11月，成立荣誉军人总管理处，办理原军医署荣善司的业务，负责伤残军人之管理教育及善后事宜。该处于处长、副处长之下设办公室、第一组、第二组和预算室。

　　同年，还成立了预算处；新闻处改为政工处。

　　1949年1月，第一处与副官处合并为人事处；第二、三、五处合并为勤务处；第四、六处合并为补给处；预算处并入财务署。1月25日，联勤总部以主力移驻上海，设上海办事处、广州指挥所、台湾指挥所和重庆指挥所。

　　1949年8月17日，国防部长阎锡山命令联勤总部于8月31

　　?日撤销，兵工、运输、经理、通信、工程、军医各署及抚恤处、荣誉军人管理总处直隶于国防部；其余各处、署并入国防部有关单位。

　　联勤总部将全国划分为若干个补给区，于各重要地点设补给区司令部和兵站，各省区分别设置供应局。此外还有数量众多的运输指挥机构和各种仓库、工厂、医院及军需学校等。

　　（李祚明 撰）